Die Organisation und Arbeitsweise von MUSIK DER JUGEND ist in einer Verwaltungsvereinbarung der neun Bundesländer und einer Geschäftsordnung geregelt. Die Bundesgeschäftsstelle mit Sitz in Oberösterreich (Linz) ist Schnittstelle aller Gremien sowie zuständig für Struktur, Planung und Durchführung der Bundeswettbewerbe.